La ciencia musulmana por excelencia fue la Medicina. Médicos fueron sus sabios más distinguidos, que gozaban de un gran prestigio e influencia en las cortes musulmanas.
El gobierno califal supervisaba la práctica médica y paramédica de cirujanos, ortopedistas, oculistas, veterinarios, perfumistas (por los cadáveres), fabricantes de jarabes, boticarios y droguistas. Se publicaban manuales de clínica y la construcción de hospitales se extendió a todo el mundo islámico.
La gran aportación del Islam a la medicina es la institución del hospital (“bimaristan” o “maristan”) y el sanatorio mental. Estos edificios estaban muy bien organizados y se construían con unas condiciones higiénicas muy superiores a las de nuestros establecimientos modernos. Los hacían muy grandes, equipados con baños y dejaban circular abundantemente por ellos el aire y el agua corriente. Se mantenían abiertos 24 horas al día para asistir casos de emergencia y no podían rechazar a ningún paciente.
En cada hospital había un equipo de médicos y cirujanos —algunos de ellos especialistas—, así como personal de ambos sexos (los pacientes femeninos y masculinos estaban separados). Distintos departamentos atendían los casos de medicina interna, cirugía, oftalmología y ortopedia. Además, cada hospital importante contaba con una administración (se llegaron a redactar tratados sobre la buena administración de los centros hospitalarios), un dispensario, una farmacia —donde se preparaban las recetas médicas—, varios almacenes, un huerto para el cultivo de plantas medicinales, una mezquita y, con frecuencia, una biblioteca especializada. Cada sección estaba encabezada por un especialista. Los maestros dispensaban a los estudiantes una enseñanza teórica y práctica, basada en la observación clínica y sancionada por la redacción de una tesis y la obtención de un diploma que permitía ejercer la medicina, tras haber pronunciado el Juramento de Hipócrates.
Los más famosos hospitales de Al-Andalus son los de la Granada nazarí. A mediados del siglo XIV había allí por lo menos dos maristanes y una casa cuna. Uno de ellos fue fundado por el sultán Muhammad V (m. 1391) en 1365 y englobaba también un hospicio o casa de alienados. Según Ibn al-Jatib, este maristán aventajaba al hospital al-Mansurí de El Cairo.
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